Les premiers villages de la commune, Lugnorre et Joressens, furent fondés par les Helvètes. À l'époque romaine, le Vully joua un grand rôle comme avant-poste d'Avenches, ceci grâce aux deux routes qui le traversaient ; une en direction de Bienne et l'autre dirigée vers la Sauge.Plus tard, le Vully appartint à Berthold II de Zähringen qui le donna ensuite à Guillaume III, comte de Bourgogne. Ce dernier inféoda le Haut-Vully à Ulrich de Glâne. En 1142, sa petitefille, Emma, hérita de ces terres et les apporta à son mari, le comte de Neuchâtel.
La Seigneurie de Lugnorre reçut, en 1398, une charte de franchise du comte de Neuchâtel, puis passa sous le règne d'Amédée IX de Savoie, sous la domination de Morat. Cependant le comte de Neuchâtel la reprit après les Guerres de Bourgogne. Finalement, il y renonça en 1505, la Seigneurie fut alors placée sous l'autorité de Fribourg et Berne et devint bailliage commun entre ces deux villes.
En 1530, Guillaume Farel prêcha la Réforme en l'église de Môtier. Depuis lors, la région est réformée. Ce n'est qu'après cet événement que des écoles se sont ouvertes, notamment celle de Môtier qui fut créée en 1561.
Le Haut-Vully cessa d'être un bailliage commun en 1798 et fut rattaché au canton de Fribourg, bien que les habitants de la région aient préféré être rattachés au canton de Berne.
On restaura l'église de Môtier en 1828. La paroisse fut formée du Haut et du Bas-Vully jusqu'à ce qu'un pasteur à tendance libérale la fit scinder en deux communautés en 1887. Ce fossé ne fut comblé qu'en 1962.
La dénomination « commune du Haut-Vully » fut donnée à la commune entre 1830 et 1850. Nous n'avons malheureusement aucun document en notre possession qui relate ce fait.
